Insert a sequence into a database, and loads a array of objects


Sample code :


public function parseaswissprotdb(DatabaseInterface $databaseManager)
{
    $databaseManager->recording("humandbSwiss", "SWISSPROT", "basicswiss.txt");
    $oSequence = $databaseManager->fetch("1375", "data/");
    return $this->render('default/parseswissprotdb.html.twig',
        ["sequence" => $oSequence]
    );
}

Result :

  • accession
  • sequence
    • primAcc : "P01375"
    • entryName : "FA"
    • seqLength : 233
    • start :
    • end :
    • molType : "PRT;"
    • date : "21-JUL-1986"
    • source : "HOMO SAPIENS (HUMAN)"
    • sequence : "MSTESMIRDVELAEEALPKKTGGPQGSRRCLFLSLFSFLIVAGATTLFCLLHFGVIGPQREEFPRDLSLISPLAQAVRSSSRTPSDKPVAHVVANPQAEGQLQWLNRRANALLANGVELRDNQLVVPSEGLYLIYSQVLFKGQGCPSTHVLLTHTISRIAVSYQTKVNLLSAIKSPCQRETPEGAEAKPWYEPIYLGGVFQLEKGDRLSAEINRPDYLDFAESGQVYFGIIAL"
    • description : "TUMOR NECROSIS FACTOR PRECURSOR (TNF-ALPHA) (CACHECTIN)."
    • organism
      • 0 : "EUKARYOTA"
      • 1 : "METAZOA"
      • 2 : "CHORDATA"
      • 3 : "VERTEBRATA"
      • 4 : "TETRAPODA"
      • 5 : "MAMMALIA"
      • 6 : "EUTHERIA"
      • 7 : "PRIMATES"
    • fragment : 0
  • authors
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      • primAcc : "P01375"
      • refno : 0
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      • refno : 1
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      • refno : 2
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      • refno : 3
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      • refno : 3
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      • refno : 3
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      • refno : 4
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      • refno : 4
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      • refno : 9
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      • refno : 9
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    • primAcc : ""
    • strands :
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    • division :
    • segmentNo :
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    • version :
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      • ftValue : "PROPEP"
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      • ftKey : "CHAIN"
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      • keywords : "CYTOKINE"
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      • journal : "J. CELL SCI. SUPPL. 13:11-18(1990)."
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      • journal : "J. EXP. MED. 176:1053-1062(1992)."
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      • remark : "MYRISTOYLATION."
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