Play with sequencies


Sample code : 


/**
  * Here is some samples of how to use the functions
  * @param SequenceAlignmentInterface $sequenceAlignmentManager
  * @param SequenceInterface $sequenceManager
  * @return Response
  * @throws \Exception
  */
public function playwithsequencies(
    SequenceAlignmentInterface $sequenceAlignmentManager,
    SequenceInterface $sequenceManager
) {
    $sequenceAlignmentManager->setFilename("data/fasta-2.txt");
    $sequenceAlignmentManager->setFormat("FASTA");
    $sequenceAlignmentManager->parseFile();
 
    // We take this sequence as example
    $oSequence = $sequenceAlignmentManager->getSeqSet()->offsetGet(0);
    $oSequence->setMolType("DNA");
    $sequenceManager->setSequence($oSequence);
 
    // Complement of the demo sequence
    $aComplement = $sequenceManager->complement("DNA");
 
    // Shows halfstring for pattern "GATTAG"
    $sHalfStr = $sequenceManager->halfSequence(0, "GATTAG");
 
     // Returns the sequence located between two palindromic halves of a palindromic string
     //$sBridge = $sequenceManager->getBridge("ATGcacgtcCAT");
     //dump($sBridge);
 
     // Returns the expansion of a nucleic acid sequence
     $sExpandNa = $sequenceManager->expandNa("GATTAGSW");
 
     // Computes the molecular weight of a particular sequence.
     $sMolWt = $sequenceManager->molwt();
 
     // Creates a new sequence object with a sequence that is a substring of another.
     $sCoupe = $sequenceManager->subSeq(2,100);
 
     // Array where each key is a substring matching a given pattern
     $aPatpos = $sequenceManager->patPos("TTT");
 
     // Similar to patPos() except that this allows for overlapping patterns.
     $aPatPoso = $sequenceManager->patPoso("TTT");
 
     // Returns the frequency of a given symbol in the sequence property string
     $iSymfreq = $sequenceManager->symFreq("A");
 
     // Returns the n-th codon in a sequence, with numbering starting at 0
     $sCodon = $sequenceManager->getCodon(3);
 
     // Translates a particular DNA sequence into its protein product sequence
     $sTranslate = $sequenceManager->translate();
 
     // Translates an amino acid sequence into its equivalent "charge sequence".
     $sCharge = $sequenceManager->charge("GAVLIFYWKRH");
 
     // Returns a string of symbols from an 8-letter alphabet: A, L, M, R, C, H, I, S.
     $sChemicalGroup = $sequenceManager->chemicalGroup("GAVLIFYWKRH");
 
     // Returns a two-dimensional array containing palindromic substrings found in a sequence
     $aTestPalindrome = $sequenceManager->findPalindrome(null, 2, 2);
 
     return $this->render('default/playwithsequencies.html.twig',
        [
            'complement'        => $aComplement,
            'halfStr'           => $sHalfStr,
            'expandNa'          => $sExpandNa,
            'molWt'             => $sMolWt,
            'coupe'             => $sCoupe,
            'patpos'            => $aPatpos,
            'patposo'           => $aPatPoso,
            'symfreq'           => $iSymfreq,
            'codon'             => $sCodon,
            'translate'         => $sTranslate,
            'charge'            => $sCharge,
            'chemicalGroup'     => $sChemicalGroup,
            'testPalindrome1'   => $aTestPalindrome
        ]
     );
}

Result :

DNA Complement :

Returns the expansion of a nucleic acid sequence ("GATTAGSW")

Shows halfstring for pattern "GATTAG"

Computes the molecular weight of a particular sequence.

Creates a new sequence object with a sequence that is a substring of another

Array where each key is a substring matching a given pattern ("TTT")

  • TTT
    • 0 : 193
    • 1 : 296
    • 2 : 312
    • 3 : 348
    • 4 : 459
    • 5 : 464
    • 6 : 682
    • 7 : 911
    • 8 : 1042
    • 9 : 1140

Similar to patPos() except that this allows for overlapping patterns. ("TTT")

  • 0 : 193
  • 1 : 296
  • 2 : 312
  • 3 : 348
  • 4 : 459
  • 5 : 464
  • 6 : 682
  • 7 : 911
  • 8 : 912
  • 9 : 1042
  • 10 : 1140

Returns the frequency of a given symbol in the sequence property string ("A")

Returns the 3rd codon in a sequence, with numbering starting at 0

Translates a particular DNA sequence into its protein product sequence

Translates an amino acid sequence ("GAVLIFYWKRH") into its equivalent "charge sequence"

Returns a string of symbols from an 8-letter alphabet: A, L, M, R, C, H, I, S

Returns a two-dimensional array containing palindromic substrings found in a sequence

  • 0
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1
  • 1
    • 0 : "AT"
    • 1 : 5
  • 2
    • 0 : "TA"
    • 1 : 13
  • 3
    • 0 : "CG"
    • 1 : 19
  • 4
    • 0 : "GC"
    • 1 : 20
  • 5
    • 0 : "CG"
    • 1 : 23
  • 6
    • 0 : "GC"
    • 1 : 24
  • 7
    • 0 : "AT"
    • 1 : 29
  • 8
    • 0 : "GC"
    • 1 : 37
  • 9
    • 0 : "AT"
    • 1 : 39
  • 10
    • 0 : "GC"
    • 1 : 41
  • 11
    • 0 : "AT"
    • 1 : 51
  • 12
    • 0 : "CG"
    • 1 : 53
  • 13
    • 0 : "GC"
    • 1 : 54
  • 14
    • 0 : "GC"
    • 1 : 59
  • 15
    • 0 : "GC"
    • 1 : 64
  • 16
    • 0 : "TA"
    • 1 : 74
  • 17
    • 0 : "AT"
    • 1 : 75
  • 18
    • 0 : "TA"
    • 1 : 76
  • 19
    • 0 : "GC"
    • 1 : 84
  • 20
    • 0 : "GC"
    • 1 : 91
  • 21
    • 0 : "GC"
    • 1 : 95
  • 22
    • 0 : "CG"
    • 1 : 96
  • 23
    • 0 : "GC"
    • 1 : 100
  • 24
    • 0 : "GC"
    • 1 : 104
  • 25
    • 0 : "GC"
    • 1 : 108
  • 26
    • 0 : "GC"
    • 1 : 120
  • 27
    • 0 : "GC"
    • 1 : 123
  • 28
    • 0 : "GC"
    • 1 : 126
  • 29
    • 0 : "GC"
    • 1 : 131
  • 30
    • 0 : "CG"
    • 1 : 132
  • 31
    • 0 : "GC"
    • 1 : 133
  • 32
    • 0 : "GC"
    • 1 : 136
  • 33
    • 0 : "CG"
    • 1 : 141
  • 34
    • 0 : "AT"
    • 1 : 150
  • 35
    • 0 : "GC"
    • 1 : 156
  • 36
    • 0 : "CG"
    • 1 : 170
  • 37
    • 0 : "GC"
    • 1 : 171
  • 38
    • 0 : "TA"
    • 1 : 175
  • 39
    • 0 : "AT"
    • 1 : 176
  • 40
    • 0 : "GC"
    • 1 : 180
  • 41
    • 0 : "GC"
    • 1 : 186
  • 42
    • 0 : "CG"
    • 1 : 188
  • 43
    • 0 : "GC"
    • 1 : 189
  • 44
    • 0 : "GC"
    • 1 : 196
  • 45
    • 0 : "AT"
    • 1 : 198
  • 46
    • 0 : "CG"
    • 1 : 200
  • 47
    • 0 : "GC"
    • 1 : 201
  • 48
    • 0 : "GC"
    • 1 : 205
  • 49
    • 0 : "GC"
    • 1 : 210
  • 50
    • 0 : "GC"
    • 1 : 220
  • 51
    • 0 : "GC"
    • 1 : 238
  • 52
    • 0 : "CG"
    • 1 : 240
  • 53
    • 0 : "GC"
    • 1 : 241
  • 54
    • 0 : "AT"
    • 1 : 243
  • 55
    • 0 : "GC"
    • 1 : 246
  • 56
    • 0 : "GC"
    • 1 : 255
  • 57
    • 0 : "GC"
    • 1 : 269
  • 58
    • 0 : "AT"
    • 1 : 274
  • 59
    • 0 : "GC"
    • 1 : 277
  • 60
    • 0 : "GC"
    • 1 : 300
  • 61
    • 0 : "GC"
    • 1 : 304
  • 62
    • 0 : "GC"
    • 1 : 315
  • 63
    • 0 : "TA"
    • 1 : 321
  • 64
    • 0 : "GC"
    • 1 : 334
  • 65
    • 0 : "GC"
    • 1 : 338
  • 66
    • 0 : "AT"
    • 1 : 343
  • 67
    • 0 : "AT"
    • 1 : 347
  • 68
    • 0 : "GC"
    • 1 : 351
  • 69
    • 0 : "GC"
    • 1 : 357
  • 70
    • 0 : "GC"
    • 1 : 362
  • 71
    • 0 : "GC"
    • 1 : 368
  • 72
    • 0 : "GC"
    • 1 : 389
  • 73
    • 0 : "GC"
    • 1 : 393
  • 74
    • 0 : "GC"
    • 1 : 396
  • 75
    • 0 : "CG"
    • 1 : 399
  • 76
    • 0 : "CG"
    • 1 : 404
  • 77
    • 0 : "GC"
    • 1 : 405
  • 78
    • 0 : "AT"
    • 1 : 419
  • 79
    • 0 : "GC"
    • 1 : 425
  • 80
    • 0 : "AT"
    • 1 : 434
  • 81
    • 0 : "GC"
    • 1 : 438
  • 82
    • 0 : "GC"
    • 1 : 453
  • 83
    • 0 : "GC"
    • 1 : 467
  • 84
    • 0 : "GC"
    • 1 : 473
  • 85
    • 0 : "CG"
    • 1 : 474
  • 86
    • 0 : "GC"
    • 1 : 478
  • 87
    • 0 : "GC"
    • 1 : 483
  • 88
    • 0 : "CG"
    • 1 : 484
  • 89
    • 0 : "GC"
    • 1 : 488
  • 90
    • 0 : "GC"
    • 1 : 498
  • 91
    • 0 : "GC"
    • 1 : 506
  • 92
    • 0 : "TA"
    • 1 : 511
  • 93
    • 0 : "AT"
    • 1 : 512
  • 94
    • 0 : "AT"
    • 1 : 518
  • 95
    • 0 : "AT"
    • 1 : 527
  • 96
    • 0 : "AT"
    • 1 : 571
  • 97
    • 0 : "GC"
    • 1 : 585
  • 98
    • 0 : "GC"
    • 1 : 600
  • 99
    • 0 : "AT"
    • 1 : 603
  • 100
    • 0 : "GC"
    • 1 : 612
  • 101
    • 0 : "GC"
    • 1 : 616
  • 102
    • 0 : "GC"
    • 1 : 620
  • 103
    • 0 : "AT"
    • 1 : 632
  • 104
    • 0 : "GC"
    • 1 : 649
  • 105
    • 0 : "AT"
    • 1 : 657
  • 106
    • 0 : "GC"
    • 1 : 659
  • 107
    • 0 : "GC"
    • 1 : 663
  • 108
    • 0 : "GC"
    • 1 : 671
  • 109
    • 0 : "GC"
    • 1 : 679
  • 110
    • 0 : "GC"
    • 1 : 693
  • 111
    • 0 : "GC"
    • 1 : 701
  • 112
    • 0 : "GC"
    • 1 : 704
  • 113
    • 0 : "CG"
    • 1 : 705
  • 114
    • 0 : "TA"
    • 1 : 710
  • 115
    • 0 : "GC"
    • 1 : 726
  • 116
    • 0 : "CG"
    • 1 : 727
  • 117
    • 0 : "GC"
    • 1 : 728
  • 118
    • 0 : "TA"
    • 1 : 730
  • 119
    • 0 : "TA"
    • 1 : 736
  • 120
    • 0 : "AT"
    • 1 : 737
  • 121
    • 0 : "AT"
    • 1 : 741
  • 122
    • 0 : "GC"
    • 1 : 744
  • 123
    • 0 : "GC"
    • 1 : 762
  • 124
    • 0 : "GC"
    • 1 : 767
  • 125
    • 0 : "GC"
    • 1 : 772
  • 126
    • 0 : "GC"
    • 1 : 778
  • 127
    • 0 : "GC"
    • 1 : 783
  • 128
    • 0 : "CG"
    • 1 : 790
  • 129
    • 0 : "AT"
    • 1 : 794
  • 130
    • 0 : "GC"
    • 1 : 809
  • 131
    • 0 : "GC"
    • 1 : 812
  • 132
    • 0 : "GC"
    • 1 : 815
  • 133
    • 0 : "GC"
    • 1 : 825
  • 134
    • 0 : "TA"
    • 1 : 848
  • 135
    • 0 : "GC"
    • 1 : 853
  • 136
    • 0 : "GC"
    • 1 : 856
  • 137
    • 0 : "GC"
    • 1 : 860
  • 138
    • 0 : "GC"
    • 1 : 870
  • 139
    • 0 : "GC"
    • 1 : 880
  • 140
    • 0 : "AT"
    • 1 : 885
  • 141
    • 0 : "TA"
    • 1 : 890
  • 142
    • 0 : "AT"
    • 1 : 904
  • 143
    • 0 : "GC"
    • 1 : 908
  • 144
    • 0 : "AT"
    • 1 : 910
  • 145
    • 0 : "GC"
    • 1 : 915
  • 146
    • 0 : "CG"
    • 1 : 918
  • 147
    • 0 : "GC"
    • 1 : 923
  • 148
    • 0 : "AT"
    • 1 : 927
  • 149
    • 0 : "GC"
    • 1 : 929
  • 150
    • 0 : "CG"
    • 1 : 936
  • 151
    • 0 : "CG"
    • 1 : 939
  • 152
    • 0 : "GC"
    • 1 : 952
  • 153
    • 0 : "TA"
    • 1 : 964
  • 154
    • 0 : "CG"
    • 1 : 968
  • 155
    • 0 : "AT"
    • 1 : 971
  • 156
    • 0 : "GC"
    • 1 : 981
  • 157
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1002
  • 158
    • 0 : "AT"
    • 1 : 1007
  • 159
    • 0 : "CG"
    • 1 : 1010
  • 160
    • 0 : "CG"
    • 1 : 1020
  • 161
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1027
  • 162
    • 0 : "AT"
    • 1 : 1036
  • 163
    • 0 : "CG"
    • 1 : 1038
  • 164
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1040
  • 165
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1051
  • 166
    • 0 : "TA"
    • 1 : 1054
  • 167
    • 0 : "AT"
    • 1 : 1055
  • 168
    • 0 : "CG"
    • 1 : 1057
  • 169
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1059
  • 170
    • 0 : "CG"
    • 1 : 1060
  • 171
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1061
  • 172
    • 0 : "TA"
    • 1 : 1066
  • 173
    • 0 : "CG"
    • 1 : 1068
  • 174
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1070
  • 175
    • 0 : "CG"
    • 1 : 1073
  • 176
    • 0 : "TA"
    • 1 : 1078
  • 177
    • 0 : "CG"
    • 1 : 1086
  • 178
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1087
  • 179
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1092
  • 180
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1096
  • 181
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1101
  • 182
    • 0 : "CG"
    • 1 : 1103
  • 183
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1105
  • 184
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1119
  • 185
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1131
  • 186
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1155
  • 187
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1161
  • 188
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1175
  • 189
    • 0 : "TA"
    • 1 : 1179
  • 190
    • 0 : "AT"
    • 1 : 1180
  • 191
    • 0 : "AT"
    • 1 : 1184
  • 192
    • 0 : "AT"
    • 1 : 1197
  • 193
    • 0 : "AT"
    • 1 : 1200
  • 194
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1206
  • 195
    • 0 : "GC"
    • 1 : 1209
  • 196
    • 0 : "AT"
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